隋朝開辦了世界上最早的“國家醫學院”——官辦太醫署，對后世中醫藥發展影響很大。

隋煬帝楊廣（569—618）非常重視醫學，在位期間改門下省為殿內省，統尚藥局，并親自組織編寫了《四海類聚方》《四海類聚單要方》，對前世醫方進行了系統總結。他創立的“太醫署”，既是當時世界上官方最高醫學教育機構，又承擔了一定的醫療職能。

太醫署的出現打破了以前單一的中醫師帶徒模式。后來唐朝遵循隋例也設置了“太醫署”。相比于隋朝，唐朝的太醫署有了新的發展：一是規模更大，在校師生近400人；二是分科更細，分藥學、醫學、行政三大科，各科又有細分，如藥學就包括中藥種植、栽培、采集、儲存等；三是有明確學制，如內科七年學制，外科、兒科五年學制，五官科四年學制等，各科課程安排、考試制度等都有一定規范；四是設有專門管理職位如專職太醫署令、丞以及府、史、醫監、醫正等。

在太醫署的課程中，中醫經典當然是首學，要求學生對于《明堂》《素問》《針經》《本草》《脈經》等公共基礎課達到“皆使精熟”。學完公共基礎課之后就要分專科重點教學，即“諸醫生既讀諸經，乃分業教習”。醫學生品學皆優者可提前分配任職，不及格者則要降級，且不得超過兩年，否則予以除名。

醫學生僅有書本知識還不行，還要識百草、懂藥性，因此太醫署的藥學課程中還包括中藥種植、栽培、采集、儲存。為便于學生實踐，太醫署在長安附近開辟了300畝藥園，“藥園師以時種蒔，收采諸藥”，使學生能“辨藥形，識藥性”等。后人熟知的著名醫家巢元方就是隋大業年間的醫學博士，他受隋煬帝之命撰寫了醫學名著《諸病源候論》。